Overordnet er det målsætningen, at Instituttets forskning skal være patientnær, hvorved forstås, at forskningen skal tage udgangspunkt i kliniske problemstillinger, medvirke til en øget forståelse for årsagsforhold samt styrke evidensen for effekten af forebyggelse, diagnostik og behandling.
Forskningen må derfor være baseret på et udbredt samarbejde mellem de odontologiske discipliner samt relevante medicinske specialer.
I overensstemmelse med fakultetets strategi skal instituttet sikre, at undervisningen er forskningsbaseret. En engageret opfyldelse af dette krav medfører efter instituttets opfattelse, at den aktuelle underviser som hovedprincip driver forskning inden for vedkommendes undervisningsområde. Bl.a. for at opretholde forskningsbaseret undervisning indenfor samtlige odontologiske fagområder er samarbejde omkring projekter både nationalt og internationalt en nødvendighed.
Instituttet driver primært forskning indenfor følgende seks hovedområder:

• Orale sygdomme i befolkningen:
  Udbredelse, forekomst, årsager og forebyggelse
• Orale økosystemer:
  Biofilm, de hårde tandvæv, pulpa, orale bakteriers udvikling, spredning og relation til sygdom.
• Diagnostiske systemer og metoder:
  Billeddannende systemer (fortrinsvis radiologiske), klinisk evaluering.
• Oral knoglebiologi:
  Implantater, belastning, regeneration og inflammation.
• Oral funktion og smerte:
  Neurofysiologi, kæbeledsdysfunktion.
• Oral rehabilitering:
  Dental og oral rekonstruktion.

Med den reduktion i økonomiske midler instituttet har været gennem sammenholdt med begrænsningerne under det igangværende generationsskifte, har man måttet indse, at et fuldt forskningspotentiale i hele det odontologiske fagområde, som det var muligt at opretholde i 60'erne og 70'erne, ikke mere er muligt indenfor instituttets rammer.
En prioritering er nødvendigvis styret af udviklingen i de orale sygdommes incidens og prævalens i dagens samfund, hvilket kan medføre, at områder, som tidligere udgjorde væsentlige dele af instituttets forsknings vil blive nedprioriteret. Den aktuelle forskningsaktivitet har været præget af hvilke områder, det har været muligt at videreudvikle og igangsætte i den aktuelle transitionsfase beskrevet ovenfor.
I den nære fremtid medfører udtyndingen i heltidsbeskæftigede videnskabeligt personale nogle forsknings- og undervisningsmæssige problemer, som til dels kan søges afhjulpet ved forøget samarbejde mellem de to tandlægeskoler.
For at leve op til målsætningerne om indsats indenfor de seks hovedområder, vil instituttet:

• videreudvikle projekter i forskningsteams på tværs af instituttet og i samarbejde med eksterne nationale og internationale partnere under hensynstagen til fakultetets satsningsområder: molekylær medicinsk forskning, translationel forksning og sundhedstjenesteforskning;
• arbejde videre på en fællesudnyttelse af instituttets laboratioriefaciliteter bl.a. ved gennem et udvalgsarbejde at skabe oversigt over tilgængeligt apparatur og metoder;
• ved nyansættelse samt gennem videreuddannelse af instituttets laboranter og bioanalytikere sikre at kvalifikationer fuldt ud matcher aktuelle forskningsstrategier.